1、网站建设市场定位不准, 缺乏特色
现在我国大多数旅游网站的设计理念是以网站为中心，网站之间可以链接但沟通不够，网站往往设计出统一的全面解决方案，希望能够占领全部的市场份额，而不顾不同层次细分市场的不同需求，结果是旅游网站的供给与使用者个性化需求未能实现无缝对接。网站在规划时因缺少对旅游行业全面、深刻的认识而未能找准切入点，缺乏特色与卖点，造成千网一面的现象，自助旅游线路设计，网上虚拟实景旅游等较少涉及，信息更新缓慢，服务项目单一，缺乏吸引力，以至在线交易冷淡，无法吸引游客。
2、旅游专业网站与专业产业资源缺乏整合
中国实力派国旅、中旅、青旅, 在国家政策的保护下，垄断传统旅游市场，竞争机制还未形成，因此新兴旅游企业纷纷涌向互联网寻求突破垄断的契机，但握有真正优势资源的旅游企业对互联网反应迟缓，使得互联网与旅游的结合若即若离，没有专人或精力上网去收集相关的行业信息，缔造不出全新的、真正的旅游电子商务。旅游电子商务的功能也大多停留在低级阶段，缺乏旅游电子商务复合型人才、旅游网站地域发展不平衡，还无法达到真正意义上的网上交易，网络与旅游实现有效对接还存有困难。
3、运营环境不完善
旅游业中各个部门都还没有形成真正的网络化，网络与传统旅游的结合，网络与金融的结合都是一个漫长的工程；旅游网站使用者结构不成熟。调查显示，在我国不到10%的上网用户中，其中近一半网民是不具有支付能力或支付能力较低的青少年，许多人属于旅游电子交易中的无效用户。使用者没有养成旅游电子消费习惯和情感因素，复杂的操作模式及传统的网络使用方式也阻碍了旅游网站的普及化、大众化；语言障碍影响使用者的信息获得的同时，使网络世界双向市场得不到有效的开发，阻碍了旅游网站的国际化发展；还有基础建设、安全问题、带宽瓶颈以及法律规范等问题都没有解决。
4、旅游网站对顾客缺乏经常性引力
目前国内多数旅游网站信息虽然很丰富，但大多是信息的发布和介绍，虽然网络旅游频频见于媒体，但真正通过旅游网站来吃旅游套餐的人并不多，旅游消费者购买观念、方式陈旧，旅游网站商业信用不足等导致消费者认同率低。同时，不注重情感祈求、个性化服务，不能最大限度保持顾客；开展旅游电子商务没有建立起旅游企业的供应链网；与竞争对手协作的缺乏，使其无法与消费者双向互动,无法形成使用者的持久吸引力，因此亦失去网络空间的竞争优势。
5、忽视旅游电子商务安全环境建设
我国对旅游电子商务活动如何进行管理、监管，网上交易纠纷怎样解决，旅游网站的经营业务合法性等并未作出明确规定。一些不法商家利用网络技术的不完善和电子商务法规的不健全，发布虚假信息，获得非法利益，从而引发了一系列诚信危机。网民在网上随意无效定购旅游服务，扰乱了旅游企业的正常经营秩序；与旅游电子商务相配套的网上支付等手段还没有找到安全便捷的解决方案。电脑毒和非法闯入等均构成对电子商务网络系统的威胁，这使得越来越重视隐私权的公众不愿意进行网上交易。
