1、投入较大：自建物流投入较大，尤其在电子商务公司起步阶段，订单量还是未知数的时候，建立自建物流相当于一个砸钱的项目。如使用第三方物流，配送费用和订单量绑定，订单量小配送费用自然低，但是自建物流即使没有订单也会有一笔不小的费用。当当网之所以一直没有发展自建物流的主要原因就是资金量不充足，缺少有实力的风投做后盾。
2、用度率前期不可控：使用第三方物流，配送费用可以直接计算出来，便于核算成本利润，如使用自建物流，由于公司起步阶段对订单量把握不大，无法准确估算配送费用，自建物流前期对成本核算及经营管理决策带来不便。加之目前电子商务基本实行低价位运营，利润本来就低，如果没有一定的订单量作为保证，自建物流用度率过高可能会导致电子商务公司陷入财务危机。E国物流就因为盲目发展自建物流，最终的结果只是昙花一现从此消失了。
