1． 社会信用体系不完善。电子商务作为虚拟经济、非接触经济，如果没有完善的信用体系作保证，生存和发展将十分困难。个人和企业的交易风险都将提高，买家付款后不能及时得到商品，卖家卖出商品不能保证收到货款，商品质量问题，网上重复拍卖问题等等，都难以避免。目前我国电子商务主要采取四种较为典型的信用模式，即中介人模式、担保人模式、网站经营模式和委托授权模式，但都存在很大的不足。
2． 安全技术以及相关法律体制不健全。我国信息安全研究经历了多种发展阶段，通过学习、吸收、消化都手段，逐步掌握了部分网络安全和电子商务安全技术，进行了安全操作系统、多级安全数据库的研制探索，但由于系统安全内核受控于人，以及国外产品的不断更新升级，基于具体产品的增强安全功能的成果，难以保证没有漏洞，难以得到推广应用。在学习借鉴国外技术的基础上，国内一些部门也开发研制了一些防火墙、安全路由器、安全网关、黑客入侵检测、电子商务安全交易系统、CA认证机构和部分核心密码算法等。但是，这些产品安全技术的完善性、规范化、兼容性和实用性还存在许多不足，理论基础和自主的技术手段需要发展和强化。
3． 电子商务人力资源缺乏。目前来看，我国的电子商务知识尚未普及，系统学习电子商务知识、积极培养电子商务人才已成为当务之急。而当前，我国电子商务人才培养存在着问题主要有：（1）师资严重缺乏。大多数师资是从计算机、网络、管理、营销或其他专业转移而来，其知识储备大多来自目前出版的一些电子商务书籍，很不系统，很不深入，再加上大多没有电子商务实务的经验，不少师资在从事电子商务教学时显得勉为其难。（2）培养方向模糊。许多培养单位甚至不能很清楚地说出其培养的电子商务人才将来究竟能够具体从事什么工作，或者提出培养目标宽泛，试图培养出“万能的”电子商务人才，如前所述，这是非常不现实的。（3）课程设置欠佳。由于缺乏对电子商务的广泛、深入的了解和理解，课程设置的随意性很大，其问题主要表现在两个方面：一是将现有的有关技术和商务方面的课程简单堆砌在一起，缺乏有机结合的系统特性；二是强于书本而弱于实务，缺乏必要的案例教学和实务操作能力的培养。
4． 网上支付手段少。电子商务的核心内容是信息的互相沟通和交流，交易双方通过Internet进行交流，洽谈确认，最后才能发生交易。这时对于通过电子商务手段完成交易的双方来说，银行等金融机构的介入是必须的，银行所起的作用主要是支持和服务，属于商业行为。但从整个电子商务网络的发展来看，将来要在网络上直接进行交易，就需要通过银行的信用卡等各种方式来完成交易，以及在国际贸易中通过与金融网络的连接来支付和收费。而目前我国各个国有专业银行网络选用的通信平台不统一，不利于各银行间跨行业务的互联、互通和中央银行的金融监管以及宏观调控政策的实施。另外，各行信用卡标准不一样，不能通用，尚不能用信用卡实现网上支付。因此，现金的大量使用、支票多用于对公业务、储蓄消费占据统治地位，这些特征基本构成中国支付文化的现状。
5． 传统企业的信息化转型过程困难。现今的时代是互联网时代，是知识经济，互联网正逐步改写商业社会的游戏规则，迫使所有的企业和企业家们去重新考虑他们存在的价值和存在下去的商业模式。传统行业面临着对自己重新评价和定位，并利用网络信息技术进行企业改造、结构调整和经营模式等问题。因此，在发展迅速的新经济浪潮中，在以信息技术为代表的NASDAQ指数一涨再涨的时候，作为创造物质财富、提供生活基础的传统产业并没有因此产生巨大的经济效益。究其原因，主要是网络经济的发展与传统产业经济体系的脱节。大部分电子商务公司都重末轻本、重“电”轻“商”，所有公司几乎清一色作为一种独立的IT技术实体形态出现，缺乏必需的商务基础与产业环境支持，成为空中楼阁。
6． 商务活动的物流配送体系不完善。电子商务配送的供给主要来自为电子商务提供配送服务的专业化物流和配送企业。近几年来，在“物流热”的推动下，我国的外资物流企业和本土物流企业都得到了迅速发展。企业依托各自的优势，正在积极开拓电子商务配送领域。但从目前的情况看，传统物流企业转型才刚开始，新兴物流企业还没有形成规模，外资企业只得到有限的发展。真正拥有可以信任的品牌、庞大的物流网络、先进的管理体制、高素质的人才队伍和丰富的运作经验的龙头企业尚未出现。现有的配送供给在地域、速度、效率、准确度、价格、服务水平等方面与电子商务的要求还有较大的差距。我国目前的配送能力仍然非常低下，特别是“最后一公里”的末端配送几乎是空白，与先进的电子商务相比，反差巨大。
