1、城市配送涉及管理部门众多，协调管理难。
城市配送管理涉及到城市交通警察、运管局（处）、城管、规划等部门以及众多的工商企业，城市配送管理涉及面广，协调管理难度较大。运管部门重视保护城市配送企业的利益，力图更好地满足配送需求与提升配送企业服务，希望减少城市交通限制，增加城市配送节点；而交警部门为了交通的顺畅，往往限制配送车辆的通行与停靠；土地、商贸、规划部门在规划道路、商业网点的过程中，没有充分考虑配送需求，没有为城市配送预留配送站点与通行通道，往往容易在配送过程中造成交通拥挤，所以城管、交警对配送活动进行一定的限制。
2、城市配送涉及管理内容繁杂，交叉管理多。
个主体根据部门相关职责，从城市配送不同的角度，对城市配送进行管理，其中交通警察管理重点是车辆通行和停车管理，运管负责配送企业、配送市场的管理等。在一个完整的城市配送活动中，往往受到不同部门的监督与管理，过多的部门的涉入，造成了职能的交叉。
3、对城市配送管理市场管理与配送企业的管理没有取得良好效果。
现在城市配送中各种违章装载行为相当普遍，普遍存在拆除小客车座椅从事货运的现象，来规避城市的通行政策；另外非法从事机动车货物业务的现象屡禁不止，未取得营运资格的单位和个人非法从事机动车货物运输的现象较为普遍，政府部门的打击整治力度不够，重点不突出，整顿效果并不明显。
