电子商务整体结构分为电子商务应用层结构（简称应用层）和支持应用实现的基础结构（三层），基础结构一般包括三个层次和两个支柱。三个层次自下而上分别为网络层、传输层和服务层，两个支柱分别是安全协议与技术标准、公共政策与法律规范。前三个层次为基础层次，其上就是各种特定的电子商务应用，可见三个基础层次和两个支柱是电子商务应用的条件。为不失一般性，在此仅对电子商务的基础结构作概括说明。
主体四层
1、网络层（网络平台）
网络层是电子商务的硬件基础设施，是信息传输系统，包括远程通信网（telecom）、有线电视网（cable TV）、无线通信网（wireless）和互联网（internet）。远程通信包括电话、电报，无线通信网包括移动通信和卫星网，互联网是计算机网络。对这些网络基本上是独立的，研究部门正在研究将这些网络连接在一起，到那时传输线路的拥挤将会彻底改变。
这些不同的网络都提供了电子商务信息传输线路，但是，当前大部分的电子商务应用还是基于Internet。互联网络上包括的主要硬件有：基于计算机的电话设备、集线器（hub）、数字交换机、路由器（routers）、调制解调器、有线电视的机顶盒（set-top box）、电缆调制解调器（cable modem）。
经营计算机网络服务的是Internet网络接入服务供应商（IAP）和内容服务供应商（ICP 企业电子商务系统组
），他们统称为网络服务供应商（ISP）。IAP只向用户提供拨号入网服务，它的规模一般较小，向用户提供的服务有限，一般没有自己的骨干网络和信息源，用户仅将其作为一个上网的接入点看待。ICP能为用户提供全方位的服务，可以提供专线、拨号上网，提供各类信息服务和培训等，拥有自己的特色信息源，它是ISP今后发展的主要方向，也是发展电子商务的重要力量。
2、传输层（信息发布平台）
网络层提供了信息传输的线路，线路上传输的最复杂的信息就是多媒体信息，它是文本、声音、图像的综合。最常用的信息发布应用就是WWW，用HTML或 JAVA将多媒体内容发布在Web服务器上，然后通过一些传输协议将发布的信息传送到接收者。
3、服务层（电子商务平台）
这一层实现标准的网上商务活动服务，以方便交易，如标准的商品目录/价目表建立、电子支付工具的开发、保证商业信息安全传送的方法、认证买卖双方的合法性方法。
4、应用层（电子商务各应用系统）
两大支柱
1、公共政策与法律法规
公共政策包括围绕电子商务的税收制度、信息的定价（信息定价则围绕谁花钱来进行信息高速公路建设）、信息访问的收费、信息传输成本、隐私问题等，需要政府制定的政策。其中，税收制度如何制定是一个至关重要的问题。例如，对于咨询信息、电子书籍、软件等无形商品是否征税，如何征税；对于汽车、服装等有形商品如何通过海关，如何征税；税收制度是否应与国际惯例接轨，如何接轨；关贸总协定是否应把电子商务部分纳入其中。这些问题不妥善解决，则阻碍着电子商务的发展。
法规维系着商务活动的正常运作，违规活动必须受到法律制裁。网上商务活动有其独特性，买卖双方很可能存在地域的差别，他们之间的纠纷如何解决？如果没有一个成熟的、统一的法律系统进行仲裁，纠纷就不可能解决。那么，这个法律系统究竟应该如何制定？应遵循什么样的原则？其效力如何保证？如何保证授权商品交易的顺利进行，如何有效遏止侵权商品或仿冒产品的销售，如何有力打击侵权行为，这些都是制定电子商务法规时应该考虑的问题。法规制定的成功与否直接关系到电子商务活动能否顺利开展。
2、安全协议与技术标准
安全问题可以说是电子商务的核心问题。如何保障电子商务活动的安全，一直是电子商务能否正常开展的核心问题。作为一个安全的电子商务系统，首先必须具有一个安全、可靠的通信网络，以保证交易信息安全、迅速地传递；其次必须保证数据库服务器的绝对安全，防止网络黑客闯入盗取信息。电子签名和认证是网上比较成熟的安全手段。同时，人们还制定了一些安全标准，如安全套接层（secure sockets layer）、安全HTTP协议（secure-HTTP）、安全电子交易（secure electronic transaction）等。
技术标准是信息发布、传递的基础，是网络上信息一致性的保证。如果没有统一的技术标准，这就像不同的国家使用不同的电压传输电流，用不同的制式传输视频信号，限制了许多产品在世界范围的使用。EDI标准的建立就是电子商务技术标准的一个例子。
