合伙人制度是指由两个或两个以上合伙人拥有公司并分享公司利润，合伙人即为公司主人或股东的组织形式。其主要特点是：合伙人共享企业经营所得，并对经营亏损共同承担无限责任；它可以由所有合伙人共同参与经营，也可以由部分合伙人经营，其他合伙人仅出资并自负盈亏；合伙人的组成规模可大可小。
合伙人制度也是阿里巴巴上市过程当中马云最纠结的一关，也正是因此而避走香港选择赴美上市。简单点说，马云希望通过合伙人制度保证公司创始人及高管团队对阿里巴巴的绝对控制，这与港交所的同股同权、大小股东一视同仁的原则相违背。
目前，阿里巴巴集团董事会共有4人：阿里巴巴的马云和蔡崇信、日本软银的孙正义以及代表雅虎的杰奎琳·雷瑟斯。根据招股书，在上市之后，阿里巴巴董事会将扩充至9人，阿里巴巴占据5席，软银占据1席，雅虎将退出，另外的3席由董事会提名委员会提出，并在股东大会上选举产生。根据阿里巴巴与软银和雅虎此前达成的协议，阿里巴巴的5席将由阿里巴巴合伙人团队(28人，为阿里巴巴高管或创始人)提名产生，软银、雅虎不得反对。
马云心目中理想的上市公司治理结构应该是：马云、蔡崇信—阿里巴巴合伙人团队—董事会—股东大会。如果得以成行，马云基本上可以自上而下控制上市之后的阿里巴巴。
在美国该种“以小控大”的双重股权结构设置常见于科技类公司，以保证创始人在董事会的决策地位。
