TPP文本中有单独一章的环境保护规定，其他章节也涉及环境保护的内容。总体来说，TPP中关于环境保护的内容主要有以下几个方面：
一是TPP规定成员国需遵守《濒危野生动植物的国际贸易公约》和《消耗臭氧层物质的蒙特利尔议定书》两个国际环境公约，表明TPP将管控濒危野生动植物和消耗臭氧层物质的国际贸易优先于自由贸易。但与《北美自由贸易协议》不同，TPP没有明确将优先遵守《控制有害废物跨国移动及其处置的巴塞尔公约》，这可能与美国至今尚未正式实施此公约有关。
二是TPP规定要消除环境产品和技术的关税，推动其自由转移。除了争议较小的环境污染处理设施外，TPP还将太阳能光板和风电机组等列为环境产品，这也是一个突破。因为太阳能光板和风电机组除了具备环境效益，还具有经济价值，是在世界贸易组织框架下仍具争议的问题。
三是TPP规定国家间的贸易争端解决方式包括合作、协商、专家小组裁决等，如果一方不遵守TPP规定，包括环境保护规定，最坏的可能是被处以贸易制裁措施，这与世界贸易组织或《北美自由贸易协议》基本一致。TPP中争议较大的是处理外资企业与所在国政府投资纠纷的国际仲裁机制，涉及环境保护的是管制征用问题，即因为所在国强化了环境管理，可能造成外资企业的成本上升或经济损失。如果所在国的环境管理措施在合理范围内，就不需要赔偿；如果超出合理范围，就属于管制征用，需要赔偿。而判断是否属于管制征用，就需要依靠国际仲裁。因为国际仲裁高于国家的司法主权，所以争议较大，目前在《北美自由贸易协议》中有此机制。
此外，TPP还提出了其他方面的环境保护规定，如首次在自由贸易协议中将海洋资源和环境保护提到了相当的高度；要求各成员国通过强化国内执法和区域合作，打击野生生物走私、非法砍伐、非法捕捞等违法行为；成立环境委员会，建立公众参与机制和平台；成员国承诺在能源效率、低排放技术、清洁和可再生能源等可持续发展领域开展合作；强调知识产权保护，包括生物资源开发带来的专利收益，但TPP没有规定开发生物资源的收益需向生物资源源出方进行合理的利益分享，这不符合《生物多样性公约》的原则。
