为了规范进出口货物减免税管理，保障进出口货物减免税申请人（以下简称减免税申请人）合法权益，海关总署根据有关法律和行政法规的规定，制定了减免税管理办法。
（一）减免税申办手续
减免税申请人除特殊情况外应当向其所在地主管海关（以下简称主管海关）申请办理减免税备案、减免税审批、减免税税款担保和后续管理业务等相关手续，向进口口岸海关（以下简称口岸海关）办理减免税货物进出口通关手续。
减免税申请人可以自行也可以委托他人向海关申请办理上述手续。委托他人办理的，应当由被委托人持减免税申请人出具的“减免税手续办理委托书”及其他相关材料向海关申请，海关审核同意后可准予被委托人办理相关手续。
投资项目所在地海关与减免税申请人所在地海关不是同一海关的，减免税申请人应当向投资项目所在地海关申请办理减免税备案、审批手续。
投资项目所在地涉及多个海关的，减免税申请人可以阿其所在地海关或者有关海关的共同上级海关申请办理减免税备案、审批手续。有关海关的共同上级海关可以指定相关海关办理减免税备案、审批手续。
投资项目由投资项目单位所属非法人分支机构具体实施的，在获得投资项目单位的授权并经投资项目所在地海关审核同意后，该非法人分支机构可以向投资项目所在地海关申请办理减免税备案、审批手续。
减免税货物申办的流程是：办理减免税备案手续一办理减免税审批手续一实际进出口减免税货物。
1．减免税备案手续
减免税申请人按照有关进出口税收优惠政策的规定申请减免税进出口货物前，应持下列单证向主管海关申请办理减免税备案手续：
(1)“进出口货物减免税备案申请表”；
(2)企业营业执照或者事业单位法人证书、国家机关设立文件、社团登记证书、民办非企业单位登记证书、基金会登记证书等证明材料；
(3)相关政策规定的享受进出口税收优惠政策资格的证明材料；
(4)海关认为需要提供的其他材料。
上述单证应当交验原件，同时提交加盖减免税申请人有效印章的复印件。
2．减免税审批手续
减免税申请人应当在货物申报进出口前，持下列单证向主管海关申请办理进出口货物减免税审批手续：
(1)进出口货物征免税申请表；
(2)企业营业执照或者事业单位法人证书、国家机关设立文件、社团登记证书、民办非企业单位登记证书、基金会登记证书等证明材料；
(3)进出口合同、发票以及相关货物的产品情况资料；
(4)相关政策规定的享受进出口税收优惠政策资格的证明材料；
(5)海关认为需要提供的其他材料。
上述单证应当交验原件，同时提交加盖减免税申请人有效印章的复印件。
海关审核同意后向减免税申请人签发“中华人民共和国海关进出口货物征免税证明”（以下简称征免税证明）。
除国家政策调整等原因并经海关总署批准外，货物征税放行后，减免税申请人中请补办减免税审批手续的，海关不予受理。
3．实际进出口货物
减免税申请人持海关签发的征免税证明，并在有效期内向口岸海关办理进出口货物通关手续。若不能在有效期内办理，需要延期的，应当在征免税证明有效期内向主管海关提出延期申请。经主管海关审核同意，准予办理延长征免税证明有效期手续。
4．税款担保
若出现以下情形的减免税申请人可以在货物申报进出口前持有关单证向主管海关 申请凭税款担保先予办理货物放行手续：
(1)主管海关按照规定已经受理减免税备案或者审批申请，尚未办理完毕的；
(2)有关进出口税收优惠政策已经国务院批准，具体实施措施尚未明确，海关总署已确认减免税申请人属于享受该政策范围的；
(3)其他经海关总署核准的情况。
减免税申请人持准予担保的证明向口岸海关办理减免税货物税款担保手续。
（二）减免税货物管理
1.在海关监管年限（船舶、飞机8年；机动车辆6年；其他货物5年）内，未经海关许可，减免税申请人不得擅自将减免税货物转让、抵押、质押、移作他用或者进行其他处置。
2.在海关监管年限内，减免税申请人将进口减免税货物转让给进口同一货物享受同等减免税优惠待遇的其他单位的，应当事先向主管海关办理减免税货物结转手续；转让给不享受进口税收优惠政策或者进口同一货物不享受同等减免税优惠待遇的其他单位的，应当事先向主管海关申请办理减免税货物朴缴税款和解除监管手续。
3．在海关监管年限内，减免税申请人需要将减免税货物移作他用的，应当事先向主管海关提出申请。经海关批准后方可按照批准的使用地区、用途、企业将减免税货物移作他用。
4．在海关监管年限内，减免税申请人要求以减免税货物向金融机构办理贷款抵押的，应当向主管海关提出书面申请。经主管海关同意批准后方可办理贷款抵押手续。
5．在海关监管年限内，减免税申请人应当自进口减免税货物放行之日起，在每年的第1季度向主管海关递交《减免税货物使用状况报告书》，报告在海关监管年限内减免税货物使用状况。若没按规定向海关报告其减免税货物状况的，海关哲不受理其申请办理减免税备案、审批手续。
6．在海关监管年限内，减免税货物应当在主管海关核准的地点使用。若因故发生变更减免税货物使用地点，减免税申请人应当向主管海关提出申请，说明理由，经海关批准后方可变更。
7．在海关监管年限内，减免税申请人发生分立、合并、股东变更、改制等变更情形，权利义务承受人（以下简称承受人）应当自营业执照颁发之日起30日内，向原减免税申请人的主管海关报告有关情况并按规定办理补税手续或者减免税货物结转手续。若因破产、改制或者其他情形导致减免税申请人终止，没有承受人的，原减免税申请人或者其他依法应当承担关税及进口环节海关代征税缴纳义务的主体应当自资产清算之日起30日内向主管海关申请办理减免税货物的补缴税款和解除监管手续。
8.在海关监管年限内，减免税申请人要求将进口减免税货物退运出境或者出口的，应当报主管海关核准。待货物退运出境或者出口后，减免税申请人持出口报关单向主管海关办理原进口减免税货物的解除监管手续。
9.在海关监管年限内的进口减免税货物，减免税申请人书面申请提前解除监管的，应当向主管海关申请办理补缴税款和解除监管手续；减免税货物海关监管年限届满的，自动解除监管。
10．减免税货物转让给进口同一货物享受同等减免税优惠待遇的其他单位的，不予恢复减免税货物转出申请人的减免税额度，减免税货物转入申请人的减免税额度按照海关审定的货物结转时的价格、数量或者应缴税款予以扣减。
减免税货物因品质或者规格原因原状退运出境，减免税申请人以无代价抵偿方式进口同一类型货物的，不予恢复其减免税额度；未以无代价抵偿方式进口同一类型货物的，减免税申请人在原减免税货物退运出境之日起3个月内向海关提出申请，经海关批准，可以恢复其减免税额度。
对于其他提前解除监管的情形，不予恢复减免税额度。
11.减免税申请人经主管海关批准将减免税货物移作他用，应当补缴税款的，税款的计算公式为：
补缴税教=海关审定的货物原进口时的价格×税率×(需补交税款的时间/监管年限×12×30)
上述计算公式中的税率，应当适用海关接受申报办理纳税手续之日实施的税率；需补缴税款的时间是指减免税货物移作他用的实际时间，按日计算，每日实际生产不满8小时或者超过8小时的均按1日计算。
12．减免税货物因转让或者其他原因需要补征税款的，补税的完税价格以海关审定的货物原进口时的价格为基础，按照减免税货物已进口时间与监管年限的比例进行折旧，其计算公式如下：
补税的完税价格=海关审定的货物原进口时的价格×〔1-（减免税货物已进口时间/监管年限×12）〕
上述计算公式中“减免税货物已进口的时间”自减免税货物的放行之日起按月计算，不足1个月但超过15日的，按照1个月计算；不超过15日的，不予计算。已进口时间的截止日期按以下规定确定：
(1)转让减免税货物的，应当以海关接受减免税申请人申请办理补税手续之日作为计算其已进口时间的截止之日。
(2)减免税申请人未经海关批准，擅自转让减免税货物的，应当以货物实际转让之日作为计算其已进口时间的截止之日；转让之日不能确定的，应当以海关发现之日作为截止之日。
(3)在海关监管年限内，减免税申请人发生破产、撤销、解散或者其他依法终止经营情形的，已进口时间的截止日期应当为减免税申请人破产清算之日或者被依法认定终止生产经营活动的日期。
