众所周知，一般企业的电子商务系统是面向广大的社会公众的，而校园电子商务系统作为一种新兴的电子商务模式，则是以校园整体为依托，面向校园内的师生员工、单位和校内企业的。上述两者虽然都同为电子商务，但确有着不小的差异。
(1)客户群体的区别 传统电子商务的客户群体是社会各行各业的人，不确定性较大。而校园电子商务的客户群体是校内的师生员工。这一客户群体有着鲜明的特点，受教育程度高，素质较高，容易接受新生事物，而且绝大多数都是网民，是校园电子商务的潜在用户。尤其是大多数学生有着共同的兴趣和消费倾向，消费商品较社会群体单一，给校园电子商务注入了新鲜血液。这一稳定且消费特点鲜明的客户群体是传统企业电子商务的客户群体所无法比拟和复制的。
(2)网络环境的区别 传统电子商务是面向社会各行各业的消费群体的，其网络环境则是我国社会的网络大环境，而目前我国社会家庭上网还不是很普及，甚至有些家庭还没有电脑，更不用说网上交易了。由此看来，传统电子商务的网络环境是参差不齐，没有稳定的信息流通渠道。而校园电子商务是以校园整体为依托，面对的是校园网这一网络环境。众所周知，高校既是知识密集的地方，也是电脑普及率最高的地方之一，大部分学校为了便利学生的学习与生活，大都建立了校园网，而且网络使用费用便宜。
(3)服务内容的区别 传统电子商务系统主要是以网上交易为主题，提高企业交易质量，减少交易成本，为企业实现经济效益。而校园电子商务系统旨在服务于广大师生员工，为他们提供低成本、高效率和方便快捷的服务，内容涉及日常学习、工作、生活的方方面面，而不仅仅是提供一个在线购物的平台。它将校园内各单位和部门连接起来，为广大师生员工提供一个适时的信息平台，方便部门之间、师生之间、学生之间和校内机构之间等的双向沟通，提高办事效率，也为学校管理提供方便。从本质上说，它不单纯以盈利为目的，而是以服务为宗旨。
(4)物流配送的区别 传统电子商务的物流配送比较复杂，由于所面对的市场范围很大，通常一个是企业建立自己的物流配送体系或者委托第三方物流公司，来实现电子商务良好的物流配送体系。而校园电子商务却简单得多，市场范围相对集中，一般来说就在学校内部或校园附近，只需要很少的人员就可以解决物流配送问题，有利于物流配送的准确性和及时性，可以大大降低物流成本。
(5)网上支付的区别 传统电子商务系统一般面对的客户范围很广，因此在支付方式的选择上相对多元化，通常采用银行借记卡或信用卡等作为支付工具，与金融机构的关系比较密切。而校园电子商务面对的客户相对集中，由于目前很多高校已经建立了一卡通工程，因此这部分客户的支付可以采用校园卡或校园电子帐户作为网上支付的载体而不需要与银行等金融系统互联，由学校财务中心（结算中心）专门处理与金融机构的业务，使得业务流程相对简单，而且网上支付的安全性也更高。
(6)身份认证的区别 传统电子商务系统一般需要采用第三方的认证系统，比如中国金融认证中心。而校园电子商务则不需要，随着数字化校园建设的逐步开展，高校都将建立校园统一身份认证系统，校园电子商务系统可以采用校园统一身份认证系统提供安全认证的功能。
