供应链集成的最高层次是企业间的战略协作问题，当企业以动态联盟的形式加入供应链时，即展开了合作对策的过程，企业之间通过一种协商机制，谋求一种双赢的目标。自从20世纪60年代恰克（Chark）研究多级库存以来，诸多学者集中精力致力于多级库存的优化问题的求解，但从供应链的战略高度去研究供应链的协调性问题的人较少。在营销学和产业组织理论研究中，人们较早注意到这个问题，并主要从价格协商与资源分配的角度进行研究。正如我们前面所指出的那样，集成化供应链管理和传统的基于物流的单一企业的供应链管理是不同的，它更强调企业间的合作与协调机制，特别是动态联盟的供应链。在加盟某个供应链时，企业都会从各自的自身利益出发，展开合作对策研究，在委托与承包企业间形成一个合作协商机制和委托代理机制。
20世纪90年代以来，随着全球制造、敏捷制造、虚拟制造等先进制造模式的出现，产生了以动态联盟为特征的新的企业组织形式，使原有的企业生产组织和资源配置方式发生了质的变化。最能反映这一变化的是供应链管理思想。集成化供应链是以资源外用为特征的集成企业网络（扩展企业模型），它改变了原来的纵向一体化模式，向横向一体化模式转变。市场的竞争不再是单一企业的竞争，而是联盟之间的竞争，即供应链之间的竞争。因此，原来那种单枪匹马的企业竞争策论已不适应世界经济的发展，企业需要学会如何与其他企业进行合作的策略与技巧；同时，在企业与其他企业进行竞争而加入某一供应链联盟的过程中，又需要竞争的优势与策略，这就是供应链结盟过程中的合作-竞争模式。这种竞争是核心能力的竞争。美国的派拉哈勒德（C.K.Prahalad）和哈默（Gray Hamel）认为核心能力是一组先进技术的和谐组合，这种技术不仅仅是科学技术，还包括生产与组织管理，如产品开发技术、制造技术、成本控制技术、营销技能和售后服务、市场反应能力等。因此供应链管理作为一种全新的管理思想，它强调企业如何凝造自己的核心能力去和其他企业建立战略合作关系，而每一个企业都集中精力去巩固和发展自己的核心能力和核心业务，利用自己的资源优势，通过技术程序的重新设计和业务流程的快速重组，做好本企业能创造特殊价值的、必须长期控制的、比竞争对手更擅长的关键业务，这就是供应链合作模式的最终目的-双赢。
供应链管理研究和实践表明：增加供应链节点企业间的联系与合作，提高信息共享程度，用覆盖整个供应链的决策系统代替缺乏柔性和集成度差的决策体系，使整个供应链各个环节都能清楚地观察物流、资金流、信息流和工作流，以更好地协调，降低供应链成本，降低各个环节的延迟时间，消除信息扭曲的放大效应，是实施供应链管理的关键。通过建立面向供应链的基于Internet/Intranet的MRPII（或ERP）敏捷供应链系统，为企业供应链的运行提供基础保证。目前关于供应链管理（集成化、敏捷化供应链）的研究，基本上遵循一条既有侧重点又有一般的研究思路：将集成供应链管理系统的内在机制视为由相互协作的智能代理模块组成的网络，每个代理模块实现供应链的一项或几项功能，每个代理模块又与其他代理模块协调运作。
然而，从战略伙伴关系的企业集成模式看，这只能使供应链达到中观集成和微观集成，而宏观方面的资源配置、合作对策和委托实现机制，并没有得以体现。通过MRPII/ERP实现中观集成（信息流集成），通过DRP或LRP(Logistic ResourcePlanning, LRP)实现工作流的集成，而要实现协商代理和合作对策，则需要建立面向高层决策的管理系统-E I S / N D S S（Executive Information System/Negotiation Decision SupportSystem）。
从经济学、营销学的角度看，进入20世纪90年代以来，企业经营策略由原来的敌对性竞争发展成为合作性竞争是全球竞争趋势。合作性对策（Cooperative Game）是目前对策论中的一个热点问题。以团队（Group Team）和自我管理团队（Self-Managing Team）为形式的新的企业管理对象，合作性（Cooperation）、竞争性(Competition)和独立性(Independence)已成为未来企业管理者面临的新课题。在这种管理模式下，建设性对话（Constructive
Controversy）和群体协商（GroupNegotiation）将发挥有力的作用。在供应链管理中，如何有效发挥群体协商机制的作用，目前有几个问题需要解决。
（1）企业联盟中信任问题（Confidence）。索勒理（Thoreli）以强调可靠性预期为标准，强调合作伙伴的可靠诚实、遵守承诺，认为信任与不信任的真正差别在于双方信心的飞跃：彼此相信对方关心自己的利益，在没有考虑彼此的影响之前谁也不会行动，这实际上强调了合作协商的重要意义。
（2）沟通(Communication)。尽管通过Internet/Intranet供应链联盟成员获得了相互有用的信息资源，为信息交流提供了保证，但谁也不保证为个体利益而隐瞒私有信息的存在，信息不对称性问题是协商理论又一个棘手难题。
（3）交易成本问题。交易成本包括：①达成双方满意的协议的成本；②使协议适应预期不到的突发事件的成本；③实施协议条件的成本；④中止协议的成本。供应链管理的最终目的是要降低用户成本（Customer Cost），如何在合作伙伴间合理分担交易费用（合作经营分成模式），降低用户成本是供应链合作对策中需要解决的问题。
有一种委托加工式的供应链，即核心企业委托经过挑选的企业来完成一部分业务，自己则集中力量完成市场调查、产品设计、销售及服务和本企业的生产管理。但由于企业都是独立的利益主体，相互之间缺乏信任，导致供应链运行成本较高。在委托-代理（Principle-Agent）关系中，存在两种必须面对的代理问题：一个是信息非对称性带来的悖逆选择（Adverse Selection）(对委托人而言)；另一个就是败德行为（Moral Hazard）（对代理人而言）。这些问题要通过建立代理人激励机制和企业间的信任机制加以解决，以减少其对供应链整体效益的影响。
