（一）信息不对称风险
供应链合作要求各节点企业将私有信息完全共享出来，只有掌握了系统中各个成员的具体信息，才有可能求得供应链整体的最优解。但供应链成员作为独立的经济主体，虽然有长期合作伙伴关系，但相互之间也存在着竞争，供应链成员处于自身利益的考虑有时会故意隐瞒或谎报数据，造成信息的不对称，导致道德风险问题的产生，从而危害供应链的整体利益。
（二）合作伙伴相互依赖带来的风险
供应链是一个松散的企业联盟，供应链得效率最大化。各节点企业一般不存在所有权关系。除了合同和协议外，企业间的合作更多的是依靠对方的信誉和彼此间的信任。随着相互依赖性的增强，企业受合作伙伴决策影响日益增大，风险增加。
（三）合作伙伴同时参与多条供应链所带来的风险
在供应链中，一个企业同时为多条供应链提供类似的产品或服务，这就产生了两种风险。一方面，不同的供应链联盟对同一企业提供的产品或服务可能有不同的要求，由于不同的供应链对于企业的重要程度也有一定差异，企业在很大程度上面临着多目标决策问题。在资源有限的情况下，必须考虑优先满足哪条供应链得要求，这就给其他的供应链带来了一些特定的风险。特别是很多上游厂商同时为多条供应链服务，传导下去，该类企业的决策与取舍就会带来下游供应链较大的波动以至商业目标无法实现。企业同时为多条供应链所带来的另一种风险是竞争信息和核心机密的泄漏风险。
（四）随着大量部件的外包，有可能使企业的核心竞争力优势丧失。
制造商与供应商们建立了合作伙伴关系之后，一些自己不擅长的零配件的生产被外包出去。这样既分散了风险、保证了最终产品的质量，又加快了产品上市的速度。因此，制造商将进一步加大外包力度。但是，长期这样做的恶果是企业如果不能明确哪些是自己必须拥有或保持的核心能力，而把他们也外包出去，最终企业将被架空。如果供应商的势力做大，有时会像特洛伊木马那样，从内部夺取制造商的市场。
（五）解决方法
建立信任机制：培养企业间的信任，将促进企业间的合作努力谋求双方 的共同利益，可提高整个供应链的快速反应能力。
处理好长期合作和短期合作的关系：让这两类合同从根本上规范供应链企业的行为。
有效地冲突管理：供应链中企业间虽然是合作关系，但合作的企业都有着各自隐藏的目的需要对冲突进行有效的管理。
处理好利益协调问题：在供应链管理环境下，各个企业在战略上是互相合作关系，但是各个企业的利益不能被忽视，要努力做好总的利润在供应链中各个企业间的合理分配。
