１．限制贸易
绿色壁垒和其他贸易壁垒一样，会对国际贸易的发展起到阻碍作用。设置绿色壁垒之后，受限产品的国际贸易额减少。但是如果在设置绿色壁垒之前，该类产品的国际贸易额有一定的增长速度下降，而并不必然导致国际贸易额绝对量的减少。
一般来讲，农产品贸易受到绿色壁垒影响的程度超过工业制成品，劳动密集型产品贸易受到绿色壁垒影响的程度超过技术密集型产品，同时发展中国家对外贸易受到发达国家绿色壁垒影响的程度超过发达国家本身，这种情况在一定程度上影响着国际贸易商品结构和地理方向的变化，阻碍和损害发展中国家对外贸易的发展。
２．影响进出口
绿色壁垒和其他贸易壁垒一样，起到限制进口，引起进口国国内市场价格上涨和保护本国的市场和生产的作用。由于有污染的产品被绿色壁垒阻于国门之外，进口国消费者享受到更加健康、安全、清洁的产品，但由于产品价格上升，进口国的消费者必须以更高的价格购买所需的商品，而有关厂商却从中获得高额利润。
绿色壁垒对出口国不同的生产厂商的影响是有所不同的。国内该类产品供给大大多于需求，短期内产品积压，使得价格下跌，产量减少。消费者将得到价格上的实惠，但同时却要承受使用有污染产品所带来的副作用。
３．影响中国
近年来，我国对外贸易正面临越来越多来自于发达国家甚至发展中国家的绿色贸易壁垒的挑战。总体来说，绿色贸易壁垒对我国出口市场份额、贸易机会、企业和商品信誉等方面都产生了不利影响，导致国外消费者对我国部分产品尤其是农产品食品信心下降，对我国出口造成长期的负面影响。从企业的出口成本和出口效益来看，由于绿色贸易壁垒多数是以环境标准和标志的形式出现，要想实现其环境标准、获取其环境标志，就必须投入大量的资金和人力进行技术改造，改善环境质量;同时还将增加有关的检验、测试、认证和公关等手续以及相关的费用，从而使企业出口产品的成本大幅度上升，价格优势大大削弱，丧失了国际市场竞争力，企业的出口效益日渐下降。从我国的对外贸易关系来看，由于遭遇了越来越多的绿色贸易壁垒，我国与主要贸易伙伴国之间的贸易摩擦不断，稍有处理不当，就会影响到双边或多边贸易关系，因此，必须恰当处理绿色贸易壁垒对我国对外贸易产生的冲击。
