第一，WTO法定义务履行功能。从国际法国内化的层面来看，我国的国际贸易行政诉讼制度本身就是我国履行入世承诺，承担国际义务的产物。@在其建立后，虽然法院不能在国际贸易行政诉讼过程中直接适用WTO法，但是，由于其审理国际贸易行政案件的专项性，国际贸易行政诉讼中适用的法主要是转化为国内法或者符合WTO法规定的国内法。国际贸易行政诉讼依法解决国际贸易行政纠纷的作用，正是我国切实履行WTO法定义务的主要方式。国际贸易行政诉讼无疑具有履行WTO法定义务的功能。
该功能向其他国家表明我国已经建立了符合WTO法要求的国际贸易行政法律救济制度。更重要的是“对中国而言，这不仅仅是履行入世相关义务的应时之需，更是顺应现代法治发展的要求，在以规则为导向的WTO多边贸易体系中实现与各成员国和地区经贸关系良性互动的前提和保障。
第二，国际贸易行政纠纷解决功能。从国际贸易行政诉讼的活动过程来看，国际贸易行政诉讼同一般行政诉讼一样，都是人民法院在诉讼参与人的参加下解决行政纠纷的活动。国际贸易行政诉讼的审理对象—— 国际贸易行政案件——决定了它的显要功能就是解决国际贸易行政纠纷。这些纠纷主要分布在国际货物贸易行政领域、国际服务贸易行政领域、国际知识产权贸易行政领域，以及其他国际贸易行政领域。
第三，国际贸易权益救济功能。国际贸易权益是国际贸易法律制度赋予国际贸易经济主体及相关方的权利和利益。国际贸易行政诉讼原告之所以提起诉讼，就是为了其权益得到救济。国际贸易行政诉讼作为涉外行政诉讼的一种特殊类型；作为在WTO法的要求下，废止和纠正妨碍国际贸易往来的违法规则和行为，补救受损方国际贸易权益的司法救济活动和制度，其直接目的就在于救济受损方的国际贸易权益。而且按照WTO法定的国民待遇原则(或者说同等原则)，它既为外籍当事人提供救济，也为本国当事人提供救济。这种功能是国际贸易行政诉讼前述两种功能在原告方的体现，同为其整体功能的重要方面。
