尽管电子商务物流信息系统是企业经营系统的一部分，与企业其他部门的管理系统在基本层面上没有太大区别，但是，由于物流活动本身具有的时空上的特点，使得电子商务物流信息系统具有如下特征。
(1)开放性
为实现物流企业管理或非物流企业物流管理的一体化和资源的共享，物流管理系统应具备与公司内部其他系统如财务、工资管理、人力资源管理等系统相连接的性能。且系统不仅要在企业内部实现数据的整合和顺畅流通，还应具备与企业外部的供应链的各个环节进行信息整合和数据交换的能力，达到各方面的无缝连接。物流信息系统应用edi方式、门户平台方式和数据对接等多种接口方式来实现数据整合和顺畅流通。
(2)可扩展性和灵活性
随着社会经济的快速发展，企业的管理以及业务的变化也在加快，这就要求系统能够随着企业的变革而变革。如物流企业实施流程再造，采用了新的流程，原来的系统将可能无法适用新的流程。如果企业需要再进行大规模投资，重新引进新的管理系统就会造成资源的极大浪费。所以物流信息系统要具备随着企业发展而发展的能力，并考虑系统的灵活性。在建设物流信息系统时，应充分考虑企业未来的管理及业务发展的需要，以便在原来系统的基础上建立更高层次的管理模块。
(3)安全性
局域网和互联网是电子商务物流信息系统的一个基本运行条件，它使物流企业触角得以延伸更远、数据更集中，但安全性问题也随之而来。在物流信息系统开发初期，其安全性往往被人们所忽略。但随着系统开发的深入，特别是以网上银行为主要支付手段的实现和电子单证的使用，安全性已成为电子商务物流信息系统的首要问题。它可分为内部安全性问题和外部安全性问题。
(4)协同性
系统的协同性体现在其与客户、企业各部门、供应链各环节及社会各部门的协同等方面。
·与客户的协调。系统应具有和客户的erp系统、库存管理系统等实现连接的能力。系统可以定期给客户发送各种物流信息，如库存信息、车辆配送信息、催款提示等。
·与企业内部备部门间的协同。如业务人员可将客户、货物的数据输入系统，财务人员可根据业务人员输入的数据进行记账、控制等处理。
·与供应链上的其他环节的协同。如第三方物流公司应与船公司、运输公司、拖车公司、仓储公司、铁路运输公司、公路运输公司等企业，通过网络实现信息传输。
·与社会各部门的协同。即通过网络与银行、海关、税务机关等部门实现信息即时传输。与银行联网，可以实现网上支付和网上结算，也可以查询企业的资金信息；与海关联网，可以实现网上报关等。
(5)动态性
系统反映的数据应该是动态的，可随着物流的变化而变化，能实时反映货物流动的各种状况，支持客户和公司员工的在线动态查询，这就需要公司内部与外部数据通信应及时、通畅。
(6)快速反应
系统应能对用户、客户的在线查询、修改、输入等操作作出快速和及时的反应。在市场瞬息万变的今天，企业需要跟上市场的变化才可在激烈的市场竞争中生存。物流管理信息系统是物流企业的数字神经系统，系统的每一神经元渗入供应链的每一末梢，而每一末梢的刺激都能引起系统的快速、适当的反应。
(7)信息的集成性
物流过程中涉及的环节多、分布广，信息随着物流在供应链上的流动而流动，信息在地理上往往具有分散、范围广、量大等特点，因此，信息的管理应高度集成，同样的信息只需要一次输入，以实现资源共享，减少重复操作，减少信息的差错性。目前大型的关系型数据仓库通过建立数据之间的关联，基本可实现这一点。
(8)支持远程处理
物流过程往往涉及不同的部门并跨越不同的地区。在网络时代，企业同客户间的物理距离等都将变成鼠标距离。物流管理信息系统应支持远程的业务查询、输入和人机对话等事务处理功能。
(9)检测、预警和纠错能力
为保证数据的准确性和稳定性，系统应在各模块中设置一些检测小模块，对输入的数据进行检测，以把一些无效的数据排斥在外。例如，集装箱箱号在编制时有一定的编码规则，在输入集装箱箱号时，系统可以根据这些规则设置检测模块，提醒并避免操作人员输入错误信息。又如，许多公司的提单不能够重复，系统在操作人员操作时都会自动检测校验。物流信息系统应可以灵活设置预警机制、提示信息，如将紧急发货的记录设置为红颜色显示，在客户欠款达到一定数量时自动提示等。
