系统建设的目标主要是：海关、企业使用系统进行报关，可以使报关业务便捷化，方便企业的报关，便于海关管理，简化报关手续，加快通关速度。使报关操作更加人性化、智能化，报关信息电子化，信息化。最大限度地方便报关企业和海关。
提高通关速度
建立报关、审核、回执的自动化、电子化系统。报关企业或报关行只需要远程使用系统进行报关业务和查看回执情况，减少企业进行报关时由于报关单填制错误，而又进行修改的时间。通过网络和信息化技术缩短通关的速度，提高企业、报关行的通关效率。
加快信息传递
海关通过应用信息技术，加快了信息传递速度，使报关参数信息的变更通知下达更加迅速。通过采用安全可靠的加密技术，也可以将报关参数、企业资料、商品资料等通过网络迅速地向企业传送。信息网络，它不仅能迅速地传递信息，减少传送时间，保证信息的时效性，保证信息的全面与准确，并且可以大大降低信息的传递成本，节省大量的人力、物力和财力。
简化运作环节和程序
通过系统的实现使通关手续更加便捷。建立整合性、超时空限制的报关服务系统；根据报关企业、报关行的需求，建立信息查询，业务查询等。如企业申请、报关单申报、回执通知等业务，均予以电子化、线上服务化，提供电子查询、查看等。
降低运作成本
由于信息技术的应用，提高了企业报关人员的素质，优化了海关对报关企业的管理，提高了报关单信息传递的速度和效率，这些都会促使报关运作成本的减少。
而报关系统的硬件、网络投入都可以使用海关、企业已经建成的专线网络和原有硬件设备，这样系统的实施对于海关和企业的软硬件投入几乎为零。
提高海关管理水平
EDI报关系统能够促进海关部门改善和提高服务质量。利用EDI报关系统，改变海关提供服务的方法和方式，海关提供比以前更快捷的各种服务。
通过报关单数据的电子化，为海关管理决策提供数据的支持。便于以后海关实施计算机决策支持系统提供基础。
