第三方医药电子商务平台是独立于买卖双方的中立服务组织，为买卖双方提供交易所需的各种服务的数字化平台，即提供药品信息发布、在线采购、在线交易、在线支付、药品跟踪、配合地面仓储和物流等医药流通全程服务，是实现信息流、资金流、物流高度协同的完整的医药电子商务服务模式，是公开、公平、公正的网上医药交易市场。
随着互联网的兴起以及网络技术的不断发展，传统医药与先进互联网技术相结合的医药贸易活动全过程电子化在全球已经成为大势所趋。为此，国家食品药品监督管理局分别在2004年和2005年发布了专门针对医药电子商务的《互联网药品信息服务管理办法》和《互联网药品交易服务审批暂行规定》，在医药市场竞争激烈的今天，网上药品交易的合法化给企业营销打开了新的市场通路。
经过大量的探索和实践，我国医药电子商务已形成B2B(企业间交易)、B2C(网上零售)、第三方医药电子商务(公共交易平台)等多种形式并存的局面。其中B2B模式(企业间交易)、B2C模式(网上零售)均属于企业范畴的网站，而第三方医药电子商务平台，则是独立于买卖双方的中立服务组织，
长期以来，我国药品价格虚高，医药购销环节的不正之风盛行，药品流通乱象丛生，这种医药流通体制弊病，即使我国现行的新医改也未能得到有效解决，反而将医药企业推向了重大生存挑战的风口浪尖。依据我国国情和医药行业市场现状，医药行业的生产和供应应该是市场竞争机制、政府助推，而不是政府主导；另外，据悉商务部要出台《2010-2015年全国药品流通行业发展规划纲要》研究制定行业发展规划，健全药品流通体系，完善药品流通体系网络；同时明确要推动行业信用体系建设。那么如何建立有序竞争、诚信经营的规范医药行业市场环境，有效促进医药产业良性发展，第三方医药电子商务将具有较大可行性并起到不可替代的作用。
