常规流程
第一步，商业客户向销售商订货，首先要发出“用户订单”，该订单应包括产品名称、数量等等一系列有关产品问题。
第二步，销售商收到“用户订单”后，根据“用户订单”的要求向供货商查询产品情况，发出“订单查询”。
第三步，供货商在收到并审核完“订单查询”后，给销售商返回“订单查询”的回答。基本上是有无货物等情况。
第四步，销售商在确认供货商能够满足商业客户“用户订单”要求的情况下，向运输商发出有关货物运输情况的“运输查询”。
第五步，运输商在收到“运输查询”后，给销售商返回运输查询的回答。如：有无能力完成运输，及有关运输的日期、线路、方式等等要求。
第六步，在确认运输无问题后，销售商即刻给商业客户的“用户订单”一个满意的回答，同时要给供货商发出“发货通知”，并通知运输商运输。
第七步，运输商接到“运输通知”后开始发货。接着商业客户向支付网关发出“付款通知”。支付网关和银行结算票据等。
第八步，支付网关向销售商发出交易成功的“转账通知”。
制造业流程
制造业B2B 基本流程
第一步，接收客户订单，解析 EDI 标准数据 EDI ANSI - 850 or EDIFACT - ORDERS，保存订单必需数据，存入数据库；
第二步，将订单（Purchase Order，简称 PO）信息上传至 ERP系统。ERP 系统创建销售订单，然后将相关信息反馈给 ERP 系统；
第三步，B2B 系统返回订单信息给客户， EDI ANSI - 855 or EDIFACT - ORDRSP；
第四步，ERP 系统创建生产命令，生产现场管理系统(SFC)下载生产命令，安排生产，产生相关产品数据。
第五步，B2B 获取 ERP 传递的 IDOC 信息，存入 B2B DB。依据已经有的 ShipID 从 SFC DB 获取货物数据，包装列表等；
第六步，B2B 生成运单（ShipNotice），EDI ANSI - 856 or EDIFACT - DESADV，发送给客户；
第七步，接收客户对运单的确认，EDI ANSI - 824 or EDIFACT；
第八步，将发票发送给客户，EDI ANSI - 810 or EDIFACT - INVOIC。
优化问题
综合问题
B2B 网站结构看起来简单，无非是供应信息、求购信息、产品库、企业库等主要栏目，以及每个栏目下对不同行业、不同产品类别的分类，将相应的信息发布到相应的分类中。但实际上，B2B 网站分类方法对于网站的整体优化状况是至关重要的，因分类目录不合理将造成用户难以获取网站信息、搜索引擎忽略二级栏目及二级栏目中的信息，以及网站 PR 值低等综合问题。根据新竞争力对 B2B 网站优化研究的体会，B2B 网站的栏目和分类目录设置中的问题比较突出。
收录问题
随着供求信息发布量的增加，大量新发布的信息在不断滚动更新，但很多新的信息还未等到搜索引擎收录就已经滚动到多层次目录之下，而由于网站结构层次设计不合理的原因，即使全部网页都转化为静态网页，仍有可能造成信息无法被搜索引擎收录。
动态网页问题
领先的网站早已经过网站优化改造实现了全部信息的静态化处理，但 B2B 网站发展到今天，仍然有大量网站采用全动态网页技术，甚至主栏目和二级栏目都是动态生成，这样的动态网站已经无法在搜索引擎自然检索结果中获得任何优势，即使网页被搜索引擎收录，也难以获得比其他同类内容的静态网页有任何优势，其结果是，通过搜索引擎自然检索带来的访问量越来越少。
相关性问题
在一般由网站维护人员编辑内容的网站中，网页标题的设计以及网页标题与网页内容的相关性问题可以得到比较好的控制，但在用户自行发布信息的 B2B 行业网站，网页标题设计不专业以及与网页内容相关性不高的问题比较突出，其后果是不仅供求信息内容网页在搜索引擎中没有竞争优势，甚至可能影响整个网站的表现。在“搜索引擎检索结果中的低质量网页及其成因分析 ”中对此有所描述。
B2B 电子商务网站优化中还有很多形形色色的问题，除了网站优化中没有考虑到的网站基本要素外，还有的是B2B网站技术人员自己在摸索着进行网站搜索引擎优化因为不当的操作所造成的种种问题，很多问题日积月累已经成了疑难杂症，不仅没有达到网站优化的目的，反而让网站出现更多的问题。
