1、冷藏保鲜问题
食品不像家电、鞋子衣服等物品，放在仓库，不撞不淋它，它就安然在那， 时间久了，顶多成为过时品但是还有价值，但是食品有保质期，过了期卖不掉就废了,生鲜食品过了期限那就更是成垃圾了。而仓库环节有太多的未知，产品品类少还好，比如已知的干货、调味品、生鲜食品之间的串味问题；新鲜猪肉放在多少温度下，给到消费者手中时才不会出现出水现象，空调出风口适合放什么产品等等，这些是已经知道的规律，可以很好的处理；但是随着品类、数量的不断增加，更多地方就难以拿捏了。 生鲜食品从采购、入库、发货整个环节都必须控制在保鲜期内。这些环节包括生鲜采摘、运输车送至冷库、冷库保鲜、消费者下订单、订单区域化处理、库存发货、消费者收到产品七大步骤，整个周期必须在保鲜期内完成。以生鲜蔬菜为例，从采摘到入库一般为1-2天时间，它们在库里最多能保存2天，也就是说整个库存周转为2-4天，这已经是一个极限。
2、配送成本问题
生鲜类的食品，对于物流配送要求极高，既要保持食品的新鲜，又要保证达到的速度，最常用的方式就是冷链物流。冷链物流比一般常温物流系统的要求更高、更复杂，建设投资也要大很多，是一个庞大的系统工程。 加上国内一线城市的交通拥堵情况严重，中国冷链物流成本更是让很多电商望而却步。业内人士透露，生鲜食品大多需要冷链配送，成本是普通常温配送的130%，可能需要商家付出每单数10元以上的配送成本。
3、食品损耗率高
生鲜食品订单量流动性大，今天订单量为200单，明天可能是1000单，这 也导致增加了库存的不确定因素。影响消费者网购生鲜食品的因素很多，其中天气变化就是一大原因：天气晴好时外出可能性比较大，逢上阴雨天气网购比例较高。因为订单量浮动导致的损耗成本，有时候高达百分之几十。这对于上线不久的生鲜电商来说风险更大：运营经验少、流量无法预知。不过也有一个好处，那就是初期订单量不大，暂时不会出现备货不足问题。
4、消费者的购物习惯
对于吃进肚子里的东西，消费者可能还不是很放心没有看到实物就购买，消费者会担心食品的质量安全问题，这也成为了生鲜电商难发展的重要原因。
