目前，电子商务一般分为直接电子商务和间接电子商务两种。企业在互联网上开设主页，建立网络商店，发布相关供货信息，客户通过互联网系统向销售商发出订单，在互联网上进行必要的电子单证等信息交换，销售商以邮寄方式或直接送货上门方式完成产品的交付。直接电子商务指交易的商品是无形的货物和服务，比如：软件、游戏币、远程电子维护服务、电子图书等。
在国内，间接电子商务与传统交易的税收征管区别不大，间接电子商务的企业卖家所缴纳的税费项目与传统企业是一样的税。电子商务企业卖家须按传统税法规定缴纳相关的税收。我国税法还未有明确规定直接电子商务企业卖家征税项目是否与传统企业征收相同的税费。直接电子商务企业在销售虚拟商品时，其交易行为是属于销售商品还是属于提供服务也存在着争议。电子商务交易中，产品或服务的提供者直接免去中间环节，直接将产品通过物流提供给消费者，将使许多无经验的纳税人加入到电子商务中来，这将使税务机关工作量增大。另外，电子商务的“无纸化”使税务机关在确定征税对象、纳税环节、纳税地点、纳税期限时都会遇到前所未有的问题，税务机关必须耗费人力、物力和财力来解决这些问题，这将影响到税收的征管成本。由于电子商务具有交易主体的可隐匿性，有些交易物的无形性，交易地点的不确定性，交易完成的快捷性等特点，在间接电子商务交易中很难对交易货品的实际交易额进行核实。此外，电讯企业提供的电子服务与普通企业提供的电子商务服务目前执行的营业税率不同。而其他企业则要按 5% 缴纳营业税。 所以暂时对网上的订单、合同没有征收印花税。税法对网上的订单、合同是否与传统的书面合同具有同等的法律效力还未做出明确的规定。
政府部在电子商务管理问题上还面临着税收管辖权的问题，这意味着对本国在处理税收管理方面具有独立管辖权，同时，不受外来干涉。在电子商务迅猛发展的现状下，税收征管对策及相关法律监管无法及时跟上市场形势变化，使得税收征管、稽查难度，从而导致税收缺位。
