校园电子商务的特点决定了校园电子商务不同于传统电子商务的特性。通常而言，校园电子商务包含普通电子商务的三种模式，即B2B，B2C，C2C三种模式。
（1）校内B2B模式 校内B2B是指进行校内电子商务交易的双方是部门或企业之间的，类似于非个人业务处理。他们使用校园电子商务网络平台，完成资金处理过程。这些过程包括：登陆平台、订制服务和确认订单、支付及订单处理等。
（2）校内B2C模式 校内B2C是指企业或部门对个人（师生员工）的电子商务业务。这种形式的电子商务一般以提供个人服务为主，主要借助于校园电子商务平台开展在线服务活动。譬如网上四六级报名考试、购买书籍等。
（3）校内C2C模式 校内C2C是指校内个人与个人（师生员工）之间的交易行为。目前校园电子商务C2C模式为双方搭建拍卖平台，或是提供平台方便个人在上面开设店铺进行交易。譬如拍卖个人的闲置用品等。
校园电子商务是一个综合业务系统。校园内的财务中心（结算中心）发挥网上银行的作用。财务中心（结算中心）与校园电子商务平台之间通过支付网关进行数据通信。用户包括个人、部门或企业、通过平台发出需求请求，电子商务平台把不同的需求发往不同的目标，譬如拍卖商户、相应部门等。需求订单确认后交财务中心（结算中心）审核监督，当业务流程完毕后进行费用的结算处理。
