1、配送效率低导致物流成本高 传统的电子商务由于其经营的主要是时尚新奇的商品，所以每单销售额都比较低，但是配送范围却很广，这就必然会导致物流成本增加和配送效率低下。在配送需求没有达到物流企业所需的最低量规模化运作需求的情况下，物流成本难以降低。
2、销售商品受限阻碍了电子商务的发展 由于没有实体店铺，所销售的商品用户不能实际体验，加之受到配送的限制，所以传统的电子商务企业经营的商品很有限，一般适合经营那些不需要用户切身体验的触摸度低、标准化程度高的产品，而那些大量的消费者每天都需要的消费品、日常生活用品等常常不适合在无店铺的纯网络商场销售。
3、电子支付风险 尽管支付宝、安付通等第三方支付平台较好地解决了安全结算问题，但高技术手段的计算机犯罪如计算机病毒、黑客、钓鱼网站等仍严重地影响着电子支付安全，网上欺诈手段层出不穷，消费者根本无法从心底根除对安全支付的忧虑。
4、售后服务风险 异地交易的一些物品，尤其对于没有联保的产品，虽然价格很低，可是在一些买方所在地却无法提供售后服务和技术支持，使用过程中一旦出现问题，都要买家负责来回的运费和维修费，消费者要在经济和时间上付出更多的成本，给消费者在使用过程中带来不便。而同城交易，商家承担保修责任，即使需要将货寄回厂家，也是商家承担邮费和货运风险。
5、网络欺诈使电子商务陷入诚信危机 由于网上交易的虚拟性，所以网络欺诈行为时有发生。中国消费者协会的最新调查显示，针对互联网服务的投诉增长比例在所有投诉中名列第一，另据北京市工商局和消费者协会公布的2010年10月份的消费者投诉中，互联网投诉365件，居第一位，而网络购物引发的投诉283件，占互联网投诉的78%可见，诚信已经成为网上购物最大的瓶颈。
