(一)积极参与制定有关电子商务的法律、法规、制度以及相应的实施细则，与相关部门合作，实施多方监控。现行的税收法律法规对新兴的网络贸易的约束已显得力不从心，应及时对由于电子商务的出现而产生的税收问题有针对性地进行税法条款的修订、补充和完善，对网上交易暴露出来的征税对象、征税范围、税种、税目等问题实时进行调整。税务机关应联合财政、金融、工商、海关、外汇、银行、外贸、公安等部门，共同研究电子商务运作规律及应对电子商务税收问题的解决方案，并通过纵横交错的管理信息网络，实现电子商务信息共享，解决电子商务数据信息的可控性处理，建立符合电子商务要求的税收征管体系。
(二)建立网上交易经营主体工商注册、税务登记制度。在现有的税务登记制度中，应增加关于电子商务的税务登记管理条款。积极推行电子商务税务登记制度，即纳税人在办理了网上交易申请、登记手续之后必须到主管税务机关办理电子商务的税务登记，取得固定的网上税务登记号，所有从事网上经营的单位和个人，凡建有固定网站的都必须向税务机关申报网址、经营内容等资料，纳税人的税务登记号码和税务主管机关必须明显展示在其网站首页上。作为提供网上交易平台的电子商务运营商，在受理单位和个人的网上交易申请时，还应要求申请人提供工商营业执照和税务登记证传真件，并向工商机关和税务机关进行验证。这样既可从户籍管理的出发点确保税收监管初步到位，同时也有利于提高网上交易的信用度。
(三)建立电子商务税款代扣代缴制度。电子商务交易的方式适合建立由电子商务运营商代扣代缴税款的制度，即从支付体系入手解决电子商务税收征管中出现的高流动性和隐匿性，可以考虑把电子商务中的支付体系作为监控、追踪和稽查的重要环节。在确认交易完成并由电子商务平台运营商支付给卖方货款时，就可以由交易系统自动计算货款包含的应纳税款，并由运营商在支付成功后及时代扣代缴应纳税款。如果从事网上经营的单位和个人自建网络交易平台的，则应通过银行、邮局等金融机构的结算记录进行代扣代缴，凡是按税法规定达到按次征收或月营业额达到起征点的，一律由金融机构代扣代缴应纳税款。
(四)进一步加大税收征管投入力度，培养面向“网络税收时代”的税收专业人才。电子商务与税收征管，偷逃与堵漏，避税与反避税，归根结底都是技术与人才的较量。电子商务本身就是一门前沿学科，围绕电子商务的各种相关知识也在不断发展，而目前我国税务部门大多缺乏网络技术人才，更缺乏相关的电子商务知识。因此，税务机关必须利用高科技手段来鉴定网上交易的真实性，审计追踪电子商务活动流程，从而对电子商务实行有效税收征管。通过立法，建立税务机关与银行、电子商务交易平台运营商之间的网上交易数据共享机制，通过在运营商交易平台安装税控器，用信息技术对电子支付进行有效监控，获得纳税人真实的网上交易数据等等，使税收监控走在电子商务的前面[
